Das Quake Szenario bezieht seine Inspiration aus den Horrorgeschichten von H.P. Lovecraft, der mit Cthulhu einen Mythos schuf, in dem ein Paralleluniversum mit den finstersten Dämonen existiert. Eine Forschungsbasis führt Experimente durch, um mittels Portalen Zugang zu dieser fremden Dimension zu bekommen. Die bösartige Macht auf der anderen Seite wird mit dem Codenamen „Quake“ benannt. Es gelingt dieser zerstörerischen Wesenheit durch die Portale einzufallen und alle Angestellten zu töten. Lediglich Sie als Protagonist überleben das Massaker. Ein Überlebenskampf beginnt, der Sie durch die Portale in die lebensfeindliche Dimension bringt, in der Sie sich verschiedenen Monstern stellen müssen.

Im Verlauf der Geschichte begegnen Ihnen einerseits ehemalige, umgewandelte Soldaten, andererseits völlig fremde Wesen aus einer anderen Welt. Zombies, Schwertkämpfer und gehörnte Monster stellen sich Ihnen in den Weg. Es wird noch absurder: Oger gehen mit Kettensäge und Granatwerfer auf Sie los und Yeti-Wesen werfen Blitze nach Ihnen. Nach der schweißtreibenden Schlacht durch die Monsterscharen und Bosse, steht ein Endkampf gegen Shub-Niggurath an. Dieser ebenfalls von Lovecraft entliehene Dämon tritt als Tentakel-bewährtes, baumähnliches Etwas auf. Mit dem Sieg über Shub-Niggurath erweisen Sie sich jedoch als mächtiger als die Quake-Macht.